Trường THCS Nha Trang được thành lập từ năm 1956. Lúc đầu trường mang tên Trường cấp 1,2 dân lập thị xã Thái Nguyên. Hưởng ứng phong trào ''Vì Miền Nam ruột thịt'', ngày 19/10/1962, thành phố Thái Nguyên kết nghĩa với thành phố Nha Trang tỉnh Khánh Hoà và từ đó trường mang tên trường cấp I-II Nha Trang.
Ngày đầu thành lập trường chỉ có 8 giáo viên, 106 học sinh. Theo QĐ số 429 ngày 21/9/1988, tách trường cấp I, II Nha Trang thành 2 trường: PTCS cấp 1 và PTCS cấp 2 Nha Trang. Tại QĐ số 433/QĐ- UB ngày 22/7/1994 của UBND thành phố Thái Nguyên đã giao toàn bộ cơ sở của Công ty may Việt Xô cho UBND phường Phan Đình Phùng làm trường học, UBND phường Phan Đình Phùng đã giao lại cho trường PTCS cấp II Nha Trang tại QĐ số 18/ QĐ-UB ngày 01/8/1994.
Năm học 1995-1996, tại địa điểm mới, trường PTCS cấp II Nha Trang sát nhập với khối cấp II của trường PTCS Nguyễn Huệ và từ đó trường đựơc mang tên trường PTCS Nha Trang với 58 cán bộ giáo viên và 1081 học sinh.
Theo QĐ số 194 / TCCB ngày 31/3/1997 của UBND tỉnh Thái Nguyên về việc tổ chức lại các đơn vị trường học trên địa bàn TP Thái Nguyên trực thuộc Phòng GD -ĐT thành phố Thái Nguyên, khối THCS có trường THCS Nha Trang.